La Secretaría es el órgano del Poder Ejecutivo del Estado de Chiapas encargado de promover que el servicio público se conduzca con disciplina, legalidad, objetividad, profesionalismo, honradez, lealtad, imparcialidad, integridad, rendición de cuentas, eficacia y eficiencia.

Su labor fortalece la transparencia, la honestidad y la mejora continua de los servicios gubernamentales. La prevención es una herramienta central para combatir la corrupción y asegurar que la gestión pública produzca beneficios directos para la sociedad chiapaneca.

También coordina estrategias de participación ciudadana mediante la Contraloría Social, involucrando a distintos sectores en la prevención, detección y denuncia de actos contrarios a la legalidad.

Entre sus responsabilidades se encuentran el control interno, la fiscalización, la evaluación de la gestión pública, la emisión de recomendaciones y la investigación de conductas administrativas indebidas conforme al marco legal aplicable.